fait partie du Sahara océanique, combinaison de désert de sable, à dunes vives et de regs pierreux. La végétation clairsemée est composée de rares annuelles dépendantes de la pluviométrie et d'arbustes sahéliens. La reprise des pluies depuis 1998 a marqué le retour d'une couverture végétale plus abondante. Il faut noter que, malgré des conditions géoclimatiques difficiles, le PNBA recèle plus de 200 espèces végétales.

À l'approche de la côte, apparaissent des plantes halophiles, adaptées à la salure des sols. Les sebkhas, cuvettes d'évaporation au sol argileux sursalé, des dalles gréseuses ou calcaires ainsi que des dunes vives ou fossiles rompent la monotonie du paysage.

présente une plus grande diversité de faciès. Dans la zone sud du Parc, entre les caps Timiris et Tafarit, il est intéressant de noter l'ensemble d'îles gréseuses et/ou sableuses dont la plus grande, Tidra, abrite la plus septentrionale des mangroves à palétuviers blancs (Avicenia africana) - relique d'un passé lointain où les apports fluviaux étaient importants - et les prairies à spartines (Spartina maritima) les plus méridionales de la côte ouest africaine.
Ceci souligne le caractère de charnière biogéographique du Banc d'Arguin que confirme la
présence simultanée d'espèces de plantes, d'oiseaux et de poissons caractéristiques de milieux tempérés et tropicaux.

Au sud du Parc, le caractère dominant de ce domaine littoral est la vaste étendue de hauts fonds parcourus de chenaux dont l'aspect change au gré des marées. À marée basse, la faible profondeur entraîne l'émersion de plus de 450 km2 de vasières où se sont développés des herbiers dominés par les zostères (Zostera noltii) et les cymodocées, fondements de l'écosystème du Banc d'Arguin et base d'un réseau alimentaire complexe.

C'est la présence d'un Upwelling pratiquement permanent qui explique la richesse de cette zone. Les remontées d'eaux profondes, froides et riches en nutriments minéraux provoque une explosion de la production primaire sous forme d'algues microscopiques unicellulaires (phytoplancton), base d'une chaîne alimentaire complexe. Bien que l'upwelling n'agisse pas directement au niveau des hauts fonds du Banc d'Arguin, le déplacement des masses d'eau océanique entre le large et la frange côtière agit indirectement sur la productivité de la zone.