Bien que les conditions climatiques soient de type aride, la flore du Parc présente une diversité surprenante puisque plus de 200 espèces ont été recensées jusqu'à présent.

On peux trouver les plantes typiques des milieux désertiques :

• arbustes ou arbres comme l'acacia faux gommier (Acacia tortilis), le pommier de Sodome (Calotropis procera), le figuier d'enfer (Euphorbia balsamifera), Maerua crassifolia, Cormulaca monacantha, Balanites aegyptiaca,
• graminées comme Stipagrostis pungens, Panicum turgidum

A l'approche de la côte, le degré d'humidité augmente notamment du fait de l'évaporation intense. Une flore adaptée à ce contexte géoclimatique particulier et capable de supporter des niveaux de salure des sols importants apparaît alors, composée principalement d'Arthrocnemum indicum, Atriplex halimus, Nitraria retusa, Salvadora persica, Traganum moquini, pour arriver en bordure d'estran à des plantes halophiles vraies comme Suaeda maritima, Sacocornia perennis, Avicenia germinans.

Enfin, les vasières soumises à la marée sont couverte par des plantes marines, principalement Zostera noltii, mais également Cymodocea nodosa et Halodula wrightii.